案例分析题背景：一办公楼工程，在基础施工过程中，一批水泥已经送样，由于工期较紧，施工单位负责人未经监理工程师许可指令施工，已浇筑15个基础，之后发现40水泥实验报告中某项目质量不合格。如果15个基础返工重做，工期可能延误7天，经济损失将达0.93万元。

监理工程师如何处理该问题？